Emerge per bellezza ed interesse artistico la chiesa di S.Maria, edificata da S.Bartolomeo, discepolo di San Nilo. Dell'aspetto originario del tempio restano purtroppo oggi alcune tracce dopo che, dissennati interventi, nel 1700 e nel 1800, hanno modificato sia l'interno che l’esterno dell'edificio. Oltre ai mosaici, alle decorazioni bizantine ed agli affreschi, è di notevole interesse l'antico fonte battesimale nel nartece, datato in modo incerto tra il IX e il XII secolo. Nell’abside si conserva ancora splendida l’icona della Vergine, un tempo tra le più venerante del Lazio, di squisito gusto bizantino e non dissimile da altre antiche immagini conservate nei Castelli Romani. Da visitare la “cappella farnesiana” in cui il Domenichino nel 1600 dipinse scene della vita dei SS. Fondatori, e la cappellina “cryptaferrata”, di origine romana, base del campanile romanico, in cui i SS. Nilo e Bartolomeo sognarono la Madonna che li incarico’ di costruire una chiesa in quel luogo in suo nome, da cui deriva il toponimo “Grottaferrta”. L'Abbazia possiede anche una tra le più antiche biblioteche d'Italia, molto importante per il tipo di materiale contenutovi. Spiccano una serie di codici greci manoscritti, alcuni dei quali opera di San Nilo e dei suoi discepoli. Annesso alla biblioteca si trova il Museo, oggi in restauro, mentre vicino si trova il laboratorio di restauro del libro, dove fu restaurato il “Codice Atlantico” di Leonardo dopo l’alluvione di Firenze. L’ex tipografia oggi e’ uno spazio polivalente utilizzato per mostre ed eventi di vario genere.